小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

大件事！小新一家變成全國通輯犯！

某日，野原新之助（矢岛晶子暂无内容配音）正在公园里和风间（真柴摩利暂无内容配音）、妮妮（林玉绪暂无内容配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠暂无内容配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。

小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！

突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲，不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界。怪兽出现3分钟后。3分钟后的未来那个怪兽不被打倒,在现实里怪兽要出现！为了抵御世界灭亡，野原一家担任了地球防卫这个重大使命。但是，连续不断强大的怪兽从后边开始出现，渐渐现实世界变得危险…

自幼憧憬惊吓专员职业的大眼仔麦克·华斯基（比利·克里斯托暂无内容Billy暂无内容Crystal暂无内容配音），终于如愿考入曾走出过无数传奇人物的怪兽大学惊吓学院。对于这个相貌讨喜、丝毫没有任何恐怖气场的小怪物来说，死啃书本似乎是实现梦想的唯一途径。与之相对，系出惊吓名门的同学毛怪詹姆士·苏利文（约翰·古德曼暂无内容John暂无内容Goodman暂无内容配音）天生是周围同学关注的焦点，完全一副什么都无所谓的浪荡公子哥做派。倒霉的是这两个脾气完全不合的家伙惹到了极其严格的院长迪安·哈德斯克莱博（海伦·米伦暂无内容Helen暂无内容Mirren暂无内容配音），结果在期中考试时被三振出局，驱逐出惊吓学院。不甘失败的大眼仔抓住一线机会，集结团队报名参加兄弟会举办的惊吓游戏，只要获胜的话便有机会重返惊吓学院。而在高手云集的赛场上，大眼仔与毛怪即将迎接前所未有的挑战……

铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子暂无内容配音）家的庭院之中。

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某天，小新（矢島晶子暂无内容配音）闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（愛河里花子暂无内容配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良的柠檬也变得正邪难辨。不久，小新更和柠檬闯入了困难重重的不放屁王国……

新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。